El padre franciscano Fray Francisco de la Cruz le pidió a Francisco Pizarro un lugar donde aposentarse en la Fundación de Lima. La orden ya había llegado junto a Pizarro en los primeros años de la Conquista.

Se comenzó a edificar en 1557, tiempos del Virrey Marqués de Cañete . Su sucesor el Virrey Marqués de Montesclaros erigió en el siglo XVII el crucero y la Capilla Mayor, las bóvedas de las capillas menores, renovó el enmaderamiento del techo, cubriéndolo de artesonados dorados y empezó la edificación de las torres.

La fachada de estilo barroco fue obra de Constantino de Vasconcelos , en la segunda mitad del siglo XVII. Parte de ella es de piedra. A sus lados están las torres que cuya construcción empezó con el Virrey Marqués de Montesclaros. La campana se fundó al pié de la torre el jueves 10 de agosto de 1673, por el licenciado Andrés de Meléndez. Se colocó en la torre el jueves 26 de agosto.

En el terremoto de 1630 , no sufrió gran daño pero sí en los de 1556 y 1687 . Lo que cuenta la gente sobre la actual iglesia de San Francisco es que está apoyada sobre las bóvedas de la Iglesia subterránea, pero no existe tal. Debajo de la iglesia hay una serie de bóvedas aisladas unas de otras, destinadas a cementerios de las familias ilustres de abolengo que contribuyeron a que se construyese .

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